در روزهای اخیر اختلاف نظر بین بولتون و ترامپ از غرولندهای ترامپ در حین گلف فراتر رفته به عرصه ی عمومی کشیده شده است. اوج این ناهماهنگی در سفر ۴ روزه ی بولتون به ژاپن بود که طی آن ترامپ گفت برخلاف بولتون به دنبال براندازی ج.ا.ایران نیست و آزمایش موشکی کره ی شمالی هم ناقض قطعنامه ی شورای امنیت نیست. اگر چه برخی معتقدند ترامپ سعی در تعدیل مواضع بولتون دارد اما روابط ترامپ با مشاور امنیت ملیش آثار واضحی در سیاست خارجی آمریکا در خاورمیانه و آسیای شرقی دارد چرا که ترامپ سعی دارد بدون ناراضی ساختن متحدان آمریکا، صف آراییهای شکل گرفته در این مناطق را مدیریت کند. جان گانز از مقامات سابق پنتاگون معتقد است بین بولتون و ترامپ فاصله افتاده و باید این مساله مدیریت شود.
اما مارک دوبوویتز از بنیاد دفاع از دموکراسی ها معتقد است این اختلافها جدی نیست و بولتون در حال فایده رسانی به بولتون در بازی پلیس خوب و بد است و ایرانیها و کرهی شمالیها هم به همین سبب از بولتون متنفرند.
ترامپ در واکنش به این پنداشت عمومی در رسانه ها که مشاورانش و ژنرال ها امور را می گردانند بولتون را انتخاب کرد، حمایت شلدون ادلسون از بولتون نیز موثر بود؛ بولتون بر خلاف مک مستر با مهارت هایی که دارد توانست به خوبی با ترامپ ارتباط برقرار کند و مسائل امنیت ملی را به او توضیح دهد. اما به گفته ی بسیاری از مقامات دولت کنونی، ترامپ از بولتون چندان دل خوشی ندارد و در خلوت هم این ناخرسندی از بولتون را ابراز می کند. در این بین موضع شلدون ادلسون نیز در قبال بولتون برای ترامپ اهمیت دارد چرا که او به کمک های انتخابی ادلسون چشم دوخته است، اگرچه ادلسون ظاهرا گفته با هرچه ترامپ را خرسند سازد راضی است.
برخی می گویند این تغیّر در روابط پیش تر بین ترامپ و تیلرسون هم پیش آمده بود منتهی شش ماهی کشید تیلرسون برکنار شود. البته نارضایتی ترامپ از بولتون این روزها آشکار شده چرا که مادورو هنوز در ونزوئلا سر کار است و وعده ی بولتون به ترامپ محقق نشده و ترامپ با تصمیم بولتون برای اعزام نیرو برای مقابله با ایران و موضع سفت و سخت علیه کرهی شمالی مخالف بوده است. بعدا نیز ترامپ از تمایلش برای مذاکره با هیات حاکمهی ایران گفت که با تمایل بولتون برای براندازی ج.ا.ایران ناسازگار است. بولتون هم از ترامپ به سبب بی میلی برای فشار بیشتر بر ایران و تحولات اساسی در منطقه ناخرسند است. بولتون در طول خدمتش چندان به ناخرسندی دیگران اهمیت نمی داده است. بولتون جلسات تیم امنیتی را با ترامپ محدود کرده و بیشتر اوقات مسائل را به شکل مکتوب به اطلاع سایر اعضای تیم امنیت ملی میرساند. سابقه ی این اقدام بولتون به جدلش با متیس باز می گردد، در شهریور ۹۷ تعدادی خمپاره به نزدیکی سفارت آمریکا در بغداد خورد و بولتون سعی داشت مستقیما به سنتکام برود تا گزینههای نظامی علیه ایران را بررسی کند که متیس محکم جلویش ایستاد و مانع شد. همچنین بولتون طرفدار تحریم نفتی کامل و لغو معافیتهای نفتی و هستهای بود در حالی که وزارت خارجه چندان موافق نبود. اما مارک دوبوویتز ضمن رد این مسائل، می گوید بولتون و پمپئو هدف مشترکی دارند و اختلافی هم با ترامپ در کار نیست.
(پیتر بیکر و ماگی هابرمن/ نیویورک تایمز/ ۷ خرداد ۹۸)